Luego de haber perdido la Guerra de la Triple Alianza, Paraguay quedó sumido en la pobreza y la enfermedad. En medio de la desesperación, miles de habitantes -incluidos varios soldados heridos- emigraron hacia Argentina con la ilusión de encontrar una mejor calidad de vida. Sin embargo, sucedió todo lo contrario.
En enero de 1871, un barco que salió de Asunción desembarcó en Buenos Aires y, sin saberlo, trajo varios pasajeros con fiebre amarilla. Los primeros tres casos se detectaron el día 27 en San Telmo pero la enfermedad se propagó rápidamente y dejó más de 13 mil muertos. Las zonas más afectadas fueron las aledañas al puerto, hoy barrios conocidos como Barracas y La Boca.
El número de víctimas fue tal que obligó a las autoridades a tomar decisiones inmediatas. En ese contexto, el médico y senador Carlos Malbrán, propuso un proyecto que dio lugar, en 1893, a la creación del Hospital Muñiz y el Instituto Bacteriológico Nacional, donde él se hacía cargo de la Oficina Sanitaria Argentina. Desde 1916, el lugar lleva su nombre y es conocido como "Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (ANLIS) Malbrán".
El Instituto continúa ubicado sobre la Avenida Vélez Sarsfield, donde se fundó. Previamente, ese predio era utilizado para depositar los cadáveres de los enfermos que dejó la epidemia. Además, por pedido expreso de Malbrán, el lugar se convirtió en un espacio de conmemoración a los fallecidos.