Los lagos son cuerpos de agua dulce, en la mayoría de los casos. Pueden tener una gran extensión y su agua puede provenir de ríos, aguas subterráneas o la lluvia. Pero no sólo tienen entradas de agua, también tienen salidas, por lo que el agua de los lagos nunca está estancada. En suma, los lagos tienen corrientes, aunque muchas veces no sean perceptibles.
Las lagunas son depósitos naturales de agua salada, por lo general. Tienen una escasa profundidad y bastante sedimentación, por lo que suelen ser sitios donde crece mucha vegetación y habita una gran fauna. A diferencia de los lagos, donde sólo crecen plantas en las márgenes, las lagunas pueden contener plantas con raíces en toda su extensión.
A grandes rasgos, los lagos y las lagunas se diferencian por su profundidad, la posibilidad o no de estancamiento de agua, el tipo de agua (dulce o salada), la temperatura hídrica y la forma en que se va el agua. Las lagunas son menos profundas que los lagos. Por otra parte, las lagunas sólo tienen entrada de agua pero no salida, mientras que los lagos tienen entrada y salida. Además, en la mayoría de los casos, las lagunas son de agua salada porque su sedimentación aporta sales y minerales naturales, mientras que los lagos suelen ser de agua dulce. En cuanto a la temperatura del agua, en los lagos se crean distintas capas de temperatura según la profundidad de las aguas, mientras que en las lagunas la temperatura tiende a ser caliente por su baja profundidad. Por último, las lagunas se evaporan o se filtran, ya que no tienen corrientes de agua, mientras que los lagos desaparecen cuando sale más agua hacia los ríos y arroyos de la que entra.
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