San Martín avanzaba desde el sur y Simón Bolívar desde el norte. Los dos luchaban por la independencia del continente y, con el fin de coordinar sus acciones, se reunieron el 26 y el 27 de julio de 1822 en Guayaquil.

Pese al acuerdo en la liberación de América, entre San Martín y Bolívar existían algunas diferencias políticas y militares. Mientras San Martín era partidario de que cada pueblo decidiera con libertad su futuro, Bolívar, preocupado por el peligro de la anarquía, estaba interesado en controlar personalmente la evolución política de las nuevas repúblicas. Otra polémica giraba en torno a quién conduciría el nuevo ejército libertador que resultaría de la unión de las tropas comandadas por ambos. San Martín propuso que lo dirigiera Bolívar, pero éste dijo que nunca podría tener a un general de la calidad y la capacidad de San Martín como subordinado.

El trasfondo de esta cuestion militar tenía mucho que ver con la enemistad manifiesta de las autoridades porteñas que habían abandonado a su suerte al Libertador y su ejército. Bernardino Rivadavia, por entonces el nuevo hombre fuerte de Buenos Aires y viejo enemigo de San Martín, había dado por terminada la lucha contra los españoles, ya que había tomado la férrea decisión de destruir a San Martín, abandonándolo y quitándole toda capacidad de negociación y todo apoyo militar para terminar su gloriosa campaña. El general argentino tuvo que tomar entonces la drástica decisión de retirarse de todos sus cargos, dejarle sus tropas a Bolívar y regresar a su país.

Tras la entrevista de Guayaquil, San Martín regresó a Lima y renunció a su cargo de Protector del Perú. Partió rumbo a Chile, donde permaneció hasta enero de 1823, cuando se trasladó a Mendoza. Desde allí pidió autorización para entrar en Buenos Aires y ver a su esposa que estaba gravemente enferma.

Bolívar aseguró la independencia en Junín (6 de agosto) y Ayacucho (9 de diciembre), ambos en 1824.