El nombre "Buenos Aires" tiene orígenes religiosos. Su primera fundación se trató de un asentamiento portuario llamado Nuestra Señora Santa María del Buen Ayre, en honor a la Virgen de Bonaria o Virgen de la Candelaria, la patrona de los navegantes. En su segunda fundación, el nombre cambió a Ciudad de la Trinidad y Puerto de Santa María de los Buenos Ayres. A pesar de que no era su nombre oficial, Buenos Aires se popularizó y era utilizado con frecuencia.
En 1880, la ciudad fue separada de la provincia y se convirtió en la capital federal de Argentina, se le conoció también como Capital Federal.
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En 1996, con la reforma constitucional, la ciudad pasó a ser oficialmente conocida como Ciudad Autónoma de Buenos Aires. El nombre oficial de la provincia es Buenos Aires.
Fundación de Buenos Aires

La ciudad tuvo dos fundaciones. La primera estuvo a cargo de Pedro de Mendoza, en 1536. Mendoza era miembro de la Cofradía de los Mareantes de Triana y como su devoto, le había prometido a la Virgen de Bonaria nombrarla en su honor, por eso la llamó Nuestra Señora Santa María del Buen Ayre. Este primer asentamiento no fue considerado una ciudad según las leyes castellanas de la época, sino un punto portuario, ya que no tenía cuerpo de vecinos libres, milicia autónoma o Cabildo. Tampoco hubo ceremonia de fundación, ni acta, ni reparto de solares o tierras.
La zona fue abandonada y destruida por los propios españoles debido a hambrunas y conflictos con los querandíes.
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Juan de Garay fue quien estuvo a cargo de la segunda fundación de Buenos Aires, en 1580. La ceremonia de fundación incluyó la plantación de una cruz en la plaza principal, la constitución del primer Cabildo y la toma de posesión del territorio. Garay reclutó unas 300 personas para la nueva población, incluyendo familias guaraníes.